第一、对程序交叉的案件应坚持公诉程序优先原则。也即是说，自诉案件的处理节奏应依附于公诉案件的处理节奏。这是因为，公诉案件相对于自诉案件来说，取证难度要高得多，办案周期也长得多，所以在两种案件的程序交叉即合并审理时，自诉案件可以作适当的等待。这种等待因属一人犯数罪，不会在程序上于被告人不利。
第二，对于此种程序交叉案件，在保障公诉优先的前提下，要充分保障自诉人对自诉案件的撤诉权，和解权及被告人对自诉案件的反诉权。按照刑诉法第127条和173条的规定，自诉人在宣判前可以同被告人和解或撤回起诉，也可以对自诉人提起反诉。这些权利，不能因为程序合并而剥夺了被告人的程序利益。
第三，经合并审理后法院可就公诉与自诉两部份作出一并判决，也可单独就自诉案件作出调解，但一般不能单独就自诉案件作另行判决，因为合并审理之目的在于保障刑法数罪并罚的规定得以实现。
法律依据：《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》 第一百九十四条
被告人实施的两个以上的犯罪行为，分别属于公诉案件和自诉案件的，人民法院可以在审理公诉案件时，对自诉案件一并审理。
