办理农村自建房房产证，需要先由所在镇村管办实地测量验收，经过测量后，符合条件的会给一张申请表格，填好表格后向所在市住建部门提交申请办理房产证。
根据《房屋登记办法》的规定，因合法建造房屋申请房屋所有权初始登记的，应当提交下列材料：
(一)登记申请书；
(二)申请人的身份证明；
(三)宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；
(四)申请登记房屋符合城乡规划的证明；
(五)房屋测绘报告或者村民住房平面图；
(六)其他必要材料。
申请村民住房所有权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。
