股东不同意公司合并怎么处理

依照公司法的规定，对公司合并投反对票的股东可以选择依照最终的决议，参与公司合并。另外，对公司合并决议持异议的股东有权要求公司以合理价格收购其股份。
【法律依据】《中华人民共和国公司法》第四十四条规定：股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。