股权变更未工商登记有效吗

有效。根据《公司法》的规定，只要经过公司变更登记，就已经向社会进行了公示，受让方就依法成为该公司的股东，并承继转让方原来在该公司的股东权益；而工商变更登记，主要是公司的责任。
法律依据：《公司法》第二十六条 公司变更登记事项，应当向原公司登记机关申请变更登记。未经变更登记，公司不得擅自改变登记事项。