(一)股权代持协议的法律效力被否定的风险
股权代持协议以股权代持的形式经商的;外商为规避外资准入政策，通过与境内企业或个人签订股权代持协议，以隐名股东身份投资于外商投资企业法律和政策禁止或限制外商进入的行业的;隐名股东规避我国法律的禁止性规定，以显名股东名义对目标公司进行投资的。
(二)显名股东恶意侵害隐名股东权益的风险
在一般的股权代持关系中，实际出资人隐于幕后，名义股东则接受隐名股东委托，在台前代为行使股东权利。面对各种诱惑，显名股东很可能违反股权代持协议之约定，侵害隐名股东利益，其主要情形包括：名义股东不向隐名股东转交投资收益;名义股东滥用股东权利(重大决策事项未经协商);显名股东擅自处置股权(转让、质押)，等等。
(三)隐名股东难以确立股东身份、无法向公司主张权益的风险
虽然《公司法司法解释(三)》第二十五条原则上肯定了股权代持协议的法律效力，但投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东(代持人)主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。
隐名股东如果想从幕后走到台前，成为法律认可的股东，光凭一纸代持协议是不够的。根据司法解释，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向法院请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。之后，隐名股东才能够成为显名股东并向公司主张股东权利。
(四)显名股东的债权人针对显名股东股权强制执行的风险
在股份代持结构之下，股份登记在显名股东名下，其在法律上将被视为显名股东的财产。如果有第三人(主要是显名股东的债权人)获得针对显名股东的法院生效判决，该第三人极可能提出针对代持股份的执行请求。在这种情形下，隐名股东能否以其系实际出资人为由对抗该第三人的执行请求(提出执行异议)在法律上没有明确规定，因而存在极大的法律风险。
我国法律上明确规定了隐名股东与显名股东的相关权利，涉及到两者的权利适用和有关风险防范的情况，应当基于股东之间签订的协议来进行限制的，特别是隐名股东一般需要与显名股东就股权代持的事项达成一致意见，避免上述风险。
