工程合同纠纷可以按照以下流程诉讼：
1、根据法律规定或管辖协议确定管辖法院;
2、撰写民事起诉状;
3、到人民法院提交民事起诉状及其副本;
4、人民法院受理后，符合起诉条件的，会立案。
诉讼是指国家审判机关即人民法院，依照法律规定，在当事人和其他诉讼参与人的参加下，依法解决讼争的活动。
二、工程合同纠纷中谁举证？
在合同纠纷案件中，主张合同关系成立并生效的一方当事人对合同订立和生效的事实承担举证责任;主张合同关系变更、解除、终止、撤销的一方当事人对引起合同关系变动的事实承担举证责任。
对合同是否履行发生争议的，由负有履行义务的当事人承担举证责任。
对代理权发生争议的，由主张有代理权一方当事人承担举证责任。
三、工程合同纠纷需要提交的证据有哪些？
1、建筑工程承包书面合同，包括有关修改承包合同的设计变更文件、洽谈记录、会议纪要以及资料、图表等。
2、开工日期、延期开工原因的证明材料。
3、工程价款支付方式、延期付款及其原因的证明材料。
4、材料供应方式、未按约定标准或期限供应材料或双方协商变更材料的证明材料。
5、工程质量鉴定结论。
6、峻工报告、延期峻工原因的证明材料。
7、峻工验收日期，未按期竣工验收原因的证明材料。
8、工程结算方式。双方签证的决算报告或建设银行审定的决算。
9、保修期内发包人通知承包人进行维修的范围、时间和承包人拒绝维修，发包人委托他人维修费用的证明材料。
10、违约方的主要违约事实，及应承担违约责任的证明材料。
工程合同纠纷诉讼主要是通过当事人申请、人民法院审核、受理、开庭和宣判进行的。在工程合同纠纷中一般是“谁主张谁举证”，也就是说谁主张谁就应该要提供相应的证据的。工程合同纠纷提交的证据应该要包括书面合同、开工的证明材料以及验收证明材料等。
