要如何处理施工单位的工程索赔纠纷

1、要及时发现索赔机会；
2、签商好合同协议；
3、对口头变更指令要得到确认；
4、及时发出索赔通知书；
5、索赔事件论证要充足；
6、索赔计算方法和款额要适当。
【法律依据】《民法典》第八百零三条，发包人未按照约定的时间和要求提供原材料、设备、场地、资金、技术资料的，承包人可以顺延工程日期，并有权请求赔偿停工、窝工等损失。