医疗纠纷中的医疗事故由谁来决定，这是会结合具体的情况来定，选择不同的方式所处理的方法就会不一样；
根据《医疗事故处理条例》第46条的规定，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议时，有三条解决途径可供选择：一是医患双方协商解决，也就是通常所说的私了;二是当事人向卫生行政部门提出调解申请，通过行政手段进行处理;三是直接向人民法院提起民事诉讼，通过司法程序来解决医疗纠纷。
从目前情况看，大部分医疗纠纷的处理都经历了双方协商这一程序。应该说，这也是最经济、最便捷的一条解决途径，然而，由于种种因素的影响，协商不一定能达成共识，甚至可能久拖不决。对此，患者方须特别引起注意，因为医疗侵权诉讼的时效以及向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请的时效为1年，自当事人知道或应当知道其身体健康受到损害之日起算。因此，当协商迟迟不能达成一致时，应及时采取第二或第三条途径解决。由于患者方普遍对卫生行政部门立场的质疑，以及最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》，因医疗侵权行为引起的诉讼实行举证责任倒置，使一直以来实际存在着的人民法院受理医疗侵权诉讼以进行医疗事故技术鉴定作为前置程序的规定失去了存在的依据，医疗侵权赔偿起诉难的问题基本得到解决，因此，今年以来，因医疗纠纷直接向人民法院提起民事赔偿诉讼的比例大幅度增加，第三条途径成为解决医疗纠纷的主要途径。
当然，无论采取哪种方式解决纠纷，医患双方都需要根据法律规定准备相应的证据。患方要及时要求复印甚至封存病历资料，封存引起争议的药品等实物，保留有关就诊的单据等以防个别医疗机构篡改病历、推卸责任;医疗机构更要依法联系患方共同封存物品、及时委托检验、告知患方在法定期限内进行尸检等，以利于争议的解决，避免不必要的争执。如果经过双方共同的调查、协商，分歧较大，确定不了责任，双方可以要求卫生行政部门进行处理，患方也可以在争议发生后直接向人民法院起诉。民事诉讼中，因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任。这样，如果患方就医疗过程中出现的损害结果对医疗机构提起诉讼，医疗机构就必须提出证据证明自己没有过错，或者其过错与损害结果之间没有因果关系，否则，医疗机构就要承担败诉的法律责任。
在医疗纠纷中运用最多的是医疗事故的技术鉴定。初次鉴定由市级医学会组织，医学会组建专家库，主持医患双方抽取专家进行鉴定。启动鉴定的方式有三种：医患双方共同委托、卫生行政部门委托、法院委托。《医疗事故处理条例》及配套规定根据对患者造成的损害程度规定了四级医疗事故，医疗机构的医疗过失行为责任程度也分四种。医学会的鉴定应该在受理之后60日内作出，任何一方不服可以申请省级医学会组织再次鉴定。
综合上面所说的，医疗纠纷发生了之后最主要的就是解决双方的矛盾，不管是双方私了还是通过卫生部门来进行办理，那么都需要有合法的证据，对于患者方来说是可以申请医学鉴定，利用鉴定的结果来保障自己的合法权益，所以，自己的利益就需要自己来保护。
