1、機票行程單與發票的區別：發票在遺失時，是要根據發票的性質，開具時間等情況進行登報申明，上報稅務機關的；而行程單是遺失不補。
2、機票行程單與發票的聯繫：行程單是由國家稅務總局負責統一管理，套印國家稅務總局發票監製章的單據，具有合法性，基本和發票的管理是一致的。
3、機票行程單即行程單是《航空運輸電子客票行程單》由國家稅務總局監製並按照納入稅務機關發票管理，機票行程單正式上線是旅客購買國內航空運輸電子客票的付款及報銷的憑證。對於行程單來講，它既是專用發票，又是運輸憑證，還是航空運輸合同成立的初步證據和記名式有價證券（票證）。
法律依據：
《中華人民共和國發票管理辦法》第三條
本辦法所稱發票，是指在購銷商品、提供或者接受服務以及從事其他經營活動中，開具、收取的收付款憑證。
《中華人民共和國發票管理辦法》第六條
對違反發票管理法規的行爲，任何單位和個人可以舉報。稅務機關應當爲檢舉人保密，並酌情給予獎勵。
