一、本罪與事前有通謀的共同犯罪
窩藏、包庇行爲是在被窩藏、包庇的人犯罪後實施的，其犯罪故意也是在他人犯罪後產生的，即只有在與犯罪人沒有事前通謀的情況下，實施窩藏、包庇行爲的，才成立本罪。如果行爲人事前與犯罪人通謀，商定待犯罪人實行犯罪後予以窩藏、包庇的，則成立共同犯罪。
二、本罪與僞證罪的界限
僞證罪中的故意作虛假證明爲犯罪人隱匿罪證的行爲，與窩藏、包庇罪有相似之處。
二者的主要區別：
(1)本罪爲一般主體;而僞證罪是特殊主體，只限於證人、鑑定人、記錄人與翻譯人。
(2)本罪發生的時間沒有限制;而僞證罪必須發生在刑事訴訟中。
(3)本罪是透過使犯罪人逃匿或者採取其他庇護方法，使其逃避刑事制裁;僞證罪掩蓋的是何案件有重要關係的犯罪情節。
(4)窩藏、包庇的對象既可以是未決犯，也可以是已決犯;而僞證罪所包庇的對象只能是未決犯。
