1、適用法律不同，醫療損害賠償適用《民法典》和《最高人民法院關於審理人身損害賠償案件適用法律若干問題的解釋》等有關法律，而醫療事故損害賠償應當適用《醫療事故處理條例》；
2、賠償項目不同，醫療事故損害賠償與醫療損害賠償相比，增加了“死亡賠償金”這一項目。法律依據：《中華人民共和國民法典》第一千一百七十九條
侵害他人造成人身損害的，應當賠償醫療費、護理費、交通費、營養費、住院伙食補助費等為治療和康復支出的合理費用，以及因誤工減少的收入。造成殘疾的，還應當賠償輔助器具費和殘疾賠償金；造成死亡的，還應當賠償喪葬費和死亡賠償金。
《醫療事故處理條例》第一條
為了正確處理醫療事故，保護患者和醫療機構及其醫務人員的合法權益，維護醫療秩序，保障醫療安全，促進醫學科學的發展，制定本條例。
