1、簡易程式
簡易程式是指海關辦案人員在違法案件發生的現場，對當事人當場做出處罰決定所適用的法律程式。適用簡易程式，辦案人員應當向當事人出示執法證件，填寫預定格式、編有號碼的行政處罰決定書，並當場送達當事人。
簡易程式的適用範圍：違法事實確鑿並依法有據，對公民處以50元以下、對法人或者其他組織處以1000元以下的罰款或警告的行政違法案件。
2、一般程式
一般程式是海關行政處罰案件適用的基本程式，適用於除依據簡易程式處理外的其他所有海關行政處罰案件的辦理。
對適用一般程式調查終結的案件，經直屬海關關長或其授權的隸屬海關關長批准，可以做出如下決定：對事實清楚，證據確鑿的違法行為，根據情節輕重和具體情況，及時做出行政處罰決定;對違法情節輕微，依法可以不予行政處罰的，不予行政處罰;違法事實不能成立的，不得給予行政處罰。
海關在做出行政處罰決定之前，應當以行政處罰告知單的形式，對擬對當事人做出的行政處罰決定的事實、理由和依據進行告知，當事人可以提出陳述、申辯要求。海關拒絕聽取當事人陳述、申辯的，行政處罰不能成立。
海關在做出取消或暫時取消企業的報關資格、吊銷報關員證書，對自然人處以1萬元以上、法人或其他組織10萬元以上的罰款以及海關認為確有必要進行聽證的其他行政處罰決定之前，應當告知當事人有要求舉行聽證的權利;當事人要求聽證的，海關應當組織聽證。
