甲乙父子可以约定断绝父子关系吗

不能约定，因为违背了公序良俗。民事主体有权依照自己的意愿作出一些决定，按照自己的意愿从事一定民事活动。但是，民事主体从事民事活动不能违反法律，不能违背公序良俗。甲乙父子约定断绝父子关系的行为，违背了一般的道德准则和伦理要求，不符合公序良俗，因此不可以。
《中华人民共和国民法典》第八条民事主体从事民事活动，不得违反法律，不得违背公序良俗。