（一）兩者概念不同，刑法規定交通肇事罪是指違反交通管理法規，因而發生重大事故，致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失的行為。以危險方法危害公共安全罪是指故意以放火、決水、爆炸、投毒以外的並與之相當的危險方法，足以危害公共安全的行為。
（二）兩者犯罪構成不同：
1、交通肇事罪侵犯的客體，是交通運輸的安全。以危險方法危害公共安全罪，侵犯的客體是社會公共安全，即不特定多數人的生命、健康或者大量公私財產的安全。
2、交通肇事罪要求違反交通運輸管理法規，並且發生重大事故，致人重傷、死亡或者使公私財產遭受大損失的行為。以危險方法危害公共安全罪在客觀方面表現為以其他危險方法危害公共安全的行為
3、交通肇事罪主觀方面表現為過失，危險方法危害公共安全在主觀方面表現為犯罪的故意。
4、交通肇事要求有嚴重後果，危險方法危害公共安全罪是危險犯罪，只要是行為人所使用的危險方法足以危及到公共安全，即使沒有發生嚴重夠過，也可構成本罪。
5、處罰不同。交通肇事罪最高為有期徒刑，危險方法危害公共安全罪處罰最高位死刑。法律依據：《刑法》第一百三十三條
違反交通運輸管理法規，因而發生重大事故，致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失的，處三年以下有期徒刑或者拘役；交通運輸肇事後逃逸或者有其他特別惡劣情節的，處三年以上七年以下有期徒刑；因逃逸緻人死亡的，處七年以上有期徒刑。
