在司法實踐中，一般會具體分析陰陽合同的標的額或者所涉及的財產利益，不同情況有不同的處理方式，一般法院會按以下兩種辦法處理：
1、根據規定，合同需要備案的，以備案的合同為準，這是一般原則；但是如果備案的合同沒有實際履行，而實際履行的合同中有違法利益，則價格以實際履行的合同為準，其餘按照備案的合同約定，備案合同未約定的，而陰合同又有相關內容的按陰合同的約定執行。
2、如果簽訂的兩份合同，按照規定，既不需要批准，也無須備案，則以實際履行的合同為準。有的法院判例則以時間在後的合同價為準。除非有證據證明前一份合同價是為規避納税及騙取貸款等原因而簽訂的虛假價格。但是要特別注意是，這個舉證責任是由提出異議方來承擔的，也就是説，誰認為前一份合同是虛假的，誰就應當承擔這個舉證責任。
《民法典》第五百條 當事人在訂立合同過程中有下列情形之一，造成對方損失的，應當承擔賠償責任：
（一）假借訂立合同，惡意進行磋商；
（二）故意隱瞞與訂立合同有關的重要事實或者提供虛假情況；
（三）有其他違背誠信原則的行為。
