工程結算單的作用是施工雙方當事人在工程結算單上簽字的，在法律上屬於雙方對工程結算的確認，委託方應該按照工程結算單上所列的結算結果和工程施工合同的約定支付工程款。如果委託方不按照工程結算單上所列的結算結果和工程施工合同的約定支付工程款的，施工方可以依法向法院起訴。需要說明的一點這裡的雙方必須是工程雙方有法定許可權的代理人，一般情況下結算單也需要雙方當事人的蓋章，才能更好的保障工程結算單的效力。
但其只能作為起訴的證據之一，同時需要其他證據予以印證：如雙方當事人在建設工程施工過程中形成的補充協議、會議紀要、工作聯絡單、工程變更單、工程簽證、施工圖紙、竣工圖紙，以及其他往來函件、記錄等書面證據，可以作為工程量計算和認定工程價款的依據。
法律依據
《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十條
當事人約定，發包人收到竣工結算檔案後，在約定期限內不予答覆，視為認可竣工結算檔案的，按照約定處理。承包人請求按照竣工結算檔案結算工程價款的，應予支援。
《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十一條
當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作為結算工程價款的根據。
