承包商与流转方的纠纷。之所以拿不到土地确权证，是因为自家的土地存在纠纷。政策规定，土地存在纠纷，无法界定土地该归谁所有的情况，无法进行土地确权。比较常见的一种就是承包商与流转方的纠纷，很多农民进城打工补贴家用，因为土地常年闲置就将其流转，承包方因为种植和打理这块土地多年，因此也觉得在这次土地确权工作中，自己理应获得土地确权证。对于这种情况，政策规定，土地使用权依然归流转方所有，承包商不能对土地进行确权。
进城农户返乡要土地。随着经济的发展，很多农户都进城居住了，自家的土地也就此被闲置多年。此次土地确权工作开展之后，很多进城居住的农户再次返乡，要将闲置多年的土地进行确权，但是却遇到很多问题，因为政策规定，进城农户，如果在此之前签订了退出宅基地的协议，那么农户的身份也就此发生转变，农村的土地就和自己毫无关系。
农户交换土地后产生的确权纠纷。在农村，很多农户之间都会交换土地，但是在确权的时候却犯了难，因为不知道交换后的土地，能否顺利确权。对于此种情况，政策规定，农户自行交换土地不具备法律效力，农户只能对自己的原始承包地进行确权。
的确，有证的话如果一些情况有补贴就有拿钱的保证啦，因为农村土地承包经营权证书是农村土地承包合同生效后，国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证。拥有该证书的农民即使进程落户依然能够享受到农村土地的承包经营权，同时土地流转、土地抵押贷款、以及拆迁补贴等情况，都要依据该证书登记的信息。
注意，除了土地确权中还要关注宅基地使用权证书和农村集体土地使用证。
宅基地使用权证书表明的是农村集体经济组织的成员依法享有的在农民集体所有的土地上建造个人住宅的权利。宅基地使用权范围一般包括居住生活用地、四旁绿化用地、其他生活服务设施用地，其具体特征包括主体只能是农村集体经济组织的成员、用途仅限于村民建造个人住宅、“一户一宅”制等。如果缺少这项证书宅基地流转、宅基地拆迁补贴等等农民都享受不到!这也是农民宅基地相关权利的保障。
农村集体土地使用证，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。该项证书是农村土地确权的基础，农村的所有土地归属权都是集体所有，农民只有使用权，而这一证书正是赋予农民土地使用权的证明，待到集体经营性建设用地入市，农民这个证书就派上了用场。
