事业单位辞退员工补偿标准是：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
法律依据：《工资支付暂行规定》 第十八条
各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：1、克扣或者无故拖欠劳动者工资的；2、拒不支付劳动者延长工作时间工资的；3、低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
