一、土地徵收合同無效法院應如何處理?
採取調解的方法解決糾紛
在雙方當事人同意調解的前提下，可採取如下方法：
一是土地買賣合同簽訂後，至提起訴訟時，土地的市值沒有變化，仍然保持着買賣時的現狀，如果能調解協商達成一致意見的話，可以採取相互返還的處理方法，這樣雙方都沒有損失，有利於案結事了，同時案件也沒有留下任何隱患。
二是土地的市值沒有變化或變化可以忽略不計的，但土地上已經建房的，應當對房屋進行價值評估，由價格鑑定部門做出鑑定，法院依據鑑定的價格讓出賣人支付相應房屋價款。
三是對土地的市值沒有變化或變化可以忽略不計的，買受方又沒有在土地上建房，對土地所在地理位置不具有特別的依賴性，可以考慮相互返還購地款和土地。
二、徵地協議確認違法判決
1、判決確認違法，但不撤銷行政行爲
《行政訴訟法》第七十四條第一款規定，行政行爲有下列情形之一的，人民法院判決確認違法，但不撤銷行政行爲：
(1)行政行爲依法應當撤銷，但撤銷會給國家利益、社會公共利益造成重大損害的;
(2)行政行爲程序輕微違法，但對原告權利不產生實際影響的。
2、判決確認違法
行政行爲有下列情形之一，不需要撤銷或者判決履行的，人民法院判決確認違法：
(1)行政行爲違法，但不具有可撤銷內容的;
(2)被告改變原違法行政行爲，原告仍要求確認原行政行爲違法的;
(3)被告不履行或者拖延履行法定職責，判決履行沒有意義的。
三、買賣或者以其他形式非法轉讓土地的如何處罰
買賣或者以其他形式非法轉讓土地的，由縣級以上人民政府土地行政主管部門沒收違法所得;對違反土地利用總體規劃擅自將農用地改爲建設用地的，限期拆除在非法轉讓的土地上新建的建築物和其他設施，恢復土地原狀，對符合土地利用總體規劃的，沒收在非法轉讓的土地上新建的建築物和其他設施;可以並處罰款，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依法給予行政處分;構成犯罪的，依法追究刑事責任
綜上所述，在土地徵收案件中，如果人民法院判決拆遷補償合同無效，徵地主管單位的強拆行爲當然是不合法的，事實上，土地徵收是不允許強拆的，按照國家的政策必須是先補償、後搬遷，對於拒不配合的被拆遷戶，徵地主管單位需要通過司法途徑申請強拆。
