需要根據情況來看，如果雙方有勞務關係，運輸費屬於報銷類的，就可以進行勞動仲裁。如果雙方是合作關係，所說的“運輸費”就屬於《民法典》運輸合同運費糾紛一案,雙方沒有約定發生糾紛由仲裁機構解決的,應當起訴至人民法院管轄。
《勞動爭議調解仲裁法》
第四百八十五條
勞動爭議申請仲裁的時效爲一年。仲裁時效期間從當事人知道或者應當知道其權利被侵害之日起計算。前款規定的仲裁時效，因當事人一方向對方當事人主張權利，或者向有關部門請求權利救濟，或者對方當事人同意履行義務而中斷。從中斷時起，仲裁時效期間重新計算。因不可抗力或者有其他正當理由，當事人不能在本條第一款規定的仲裁時效期間申請仲裁的，仲裁時效中止。從中止時效的原因消除之日起，仲裁時效期間繼續計算。勞動關係存續期間因拖欠勞動報酬發生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規定的仲裁時效期間的限制;但是，勞動關係終止的，應當自勞動關係終止之日起一年內提出。
